В некоторых играх геймпад CBG 90x/CBG 91x/CBG 92x работает без проблем, а в некоторых даже не определяется. В чем может быть проблема?

Самое первое, необходимо убедиться, что в настройках игры включено управление с геймпада и геймпад настроен. Если с этим порядок, тогда можно предположить, что игра поддерживает ввод от геймпада по API XInput, в то время, как Ваша модель работает по базовому API – DirectInput или DInput. Современные игры как раз имеют тенденцию к использованию API XInput, в то время, как для ретрогейминга предпочтителен именно DInput. Данную проблему можно попробовать решить использованием соответствующих эмуляторов, вроде x360ce.

Подробнее о настройке этого эмулятора можно узнать из этой статьи.

Официальный сайт разработчиков эмулятора, где можно взять свежую версию этой программы.